決済代行は、決済ブランドとカード決済を導入したいお店やECサイトを運営する事業者の仲介を行い、決済サービスを提供する役割を持ちます。国内の金融機関を経由して決済処理を行う国内決済と、海外の金融機関を通して行う海外決済の2つに分けられます。決済代行の役割は、加盟店と包括契約を結ぶことや加盟店の審査、イシュア（カード発行会社）への代金請求、この3つが挙げられます。決済代行を利用すると、各カード会社との契約に必要な手続きは全て代行会社が行うので、利用する側は代行会社と契約を交わすだけで済みます。
導入した後の売り上げ入金など経理処理も代行会社が入るので売り上げの一元管理ができるメリットもあります。加盟店の審査は、代行会社にとって重要な仕事です。加盟店が何らかの事情で商品の提供中止や業務停止処分を受けた際に、消費者からの支払いを回収できないリスクがあるので、これを避けるためにも加盟店の経営状況などを踏まえた信用調査が欠かせません。なお、消費者が支払った代金はイシュアからアクワイアラ（加盟店契約会社）に支払いが行われて、その後決代代行会社に支払われます。
そのため、アクワイアラから直接的なやり取りはないので、代行会社はアクワイアラから支払われた金額を加盟店に入金する必要がありますし、複数の決済方法を導入していても、決済代行会社を使うと入金日を同じ日に揃えることができるようになるので、入金管理などの煩雑さを解消できるメリットもあります。